Tras alguna de las últimas actualizaciones es probable que JDownloader no te funcione correctamente.
Cada vez que actualizas, tras instalarse las actualizaciones se te abre una ventana del explorador a su página web, en ella, en Inglés te comenta que si tras una de estas últimas actualizaciones ves que JDownloader no funciona correctamente, elimines la carpeta Config que hay dentro de la carpeta del programa JDownloader, esta carpeta la tendrás en Archivos de Programa o en el sitio donde eligieras instalarlo.
Esto es debido a que algunas de las últimas actualizaciones no son compatibles con otras anteriores, al eliminar esta carpeta eliminarás todas las actualizaciones, cambios en la configuración y las cuentas premium que le hubieras introducido.
Tras eliminar la carpeta Config, vuelve a ejecutar el programa, se te volverá a actualizar, pero esta vez lo hará sólo con las últimas actualizaciones disponibles, deberás volver a seleccionar tu carpeta de descargas, volver a introducirle tus cuentas premium de los servidores de los que dispongas, etc.
Tras esto, a mi por lo menos me ha vuelto a funcionar correctamente, eso si, los extras que yo había instalado tendría que volver a instalarlos, pero como es posible que alguno de esos extras sea el causante de los fallos, mejor probar uno a uno estos extras.